Bioinformatik der Proteomik

Der Arbeitskreis „Bioinformatik der Proteomik“ wurde im Juli 2014 ins Leben gerufen. In ihm können sich einerseits DGPF-Mitglieder vernetzen, die Expertise im Bereich „Bioinformatik der Proteomik“ haben oder gewinnen wollen und andererseits solche, die diese Expertise in Form von Software-Tools, Datenressourcen oder gemeinsamen Anträgen nutzen wollen.

Ansprechpartner:
PD Dr. Martin Eisenacher
Forschungsbereich Medizinische Bioinformatik am Medizinischen Proteom-Center
Ruhr-Universität Bochum, Universitätsstr. 150, 44801 Bochum
Tel.: 0234 / 32-29288
Fax: 0234 / 32-14554
E-Mail

    Die Themen des „Bioinformatik der Proteomik“-Arbeitskreises beinhalten Aspekte aus diversen Schritten der Proteomik-/Massenspektrometrie-Workflows, wie zum Beispiel: Datengenerierung, Datenspeicherung, Daten-Backup- und Archivierung, Sammeln von Daten, Analyse von MS-Daten (Identifizierung, Quantifizierung, PTM-Bestimmung und PTM-Quantifizierung usw.), Datenaufbereitung, Statistische Analyse, Annotation von Resultaten mit bekanntem Wissen, Interpretation von Resultaten, Daten-Klassifizierung, multi-Omics-Analysen und Veröffentlichung von Resultaten (in Journalen oder öffentlichen Datenbanken).

    Moderierende Aktivitäten:

    • Übersicht über die Bioinformatik-Expertise der DGPF-Mitglieder (aktuelle Liste siehe unten, Ergänzungen und Korrekturen bitte an martin.eisenacher@rub.de)
    • Betreuen einer Mailingliste (siehe hier) für aktive Mitglieder des Arbeitskreises und Interessierte mit Ankündigungen für Trainings / Workshops / Schulungen, neue Tools (Publikationen und Links), neue Daten-Ressourcen / Datenbanken (Publikationen und Links), Vorschläge zu und Diskussion über: Was fehlt an Tools / Datenbanken? / „What‘s next?“

    Inhaltliche Aktivitäten:

    • Aufbewahrung des Source-Codes von inaktiven Tools / Datenbanken / Daten-Ressourcen (z. B. nach Weggang von Doktoranden)
    • Ansprechpartner / Verteiler für wissenschaftliche Fragen zur Bioinformatik der Proteomik
    • Bioinformatik- und Statistik-Beratung zu Proteomik-Auswertungen
    • Finden von Kooperationspartnern für Projekte und Drittmittelanträge
    Name DGPF-Mitglied / Arbeitsgruppe / InstitutBioinfo-Expertise (Schwerpunktthema, Serviceaktivitäten, Tools)URL / Kontakt
    Friedrich Lottspeich,
    früher MPI f. Biochemie, Martinsried
    Tools ICPLQuant, ICPL-ESIQuantICPLQuant
    Bernhard Küster,
    Lehrstuhl für Proteomik und Bioanalytik, TU München
    ProteomicsDB: human proteome DB; synthetic peptide and phosphopeptide reference library; PTM site localisation (Mascot Delta Score); MScDB: MS-centric Protein Sequence DB; Oscore: reliable detection of HexNAc-modified peptides; prediction of proteotypic peptides; multi-omics data integration (z.B. omicade4); integration of omics and phenotypic data; MatisseDB (comprehensive database of MALDI imaging protein identifcations); NCI-60 proteome resourceLehrstuhl für Proteomik und Bioanalytik
    Michael Glocker,
    Proteom-Zentrum Rostock
    ProteoBase: in-house LIMS, EnsEMBL mirrorProteom-Zentrum Rostock
    Rolf Apweiler,
    EMBL-EBI, Cambridge,. UK
    alle EBI-Datenressourcen, vorher: UniProt, automatische Annotation von Protein-Datenbanken, PRIDE; IntAct, Gene OntologyEMBL-EBI
    Michael Hippler,
    Inst. f. Biologie und Biotechnologie der Pflanzen, Münster
    Tools zur Auswertung von massenspektrometrischen Daten (z. B. p3dgenomic peptide finder (gpf), ms2db, qtrace und proteomatic)IBBP
    Hans Lehrach,
    MPI f. Molekulare Genetik, Abteilung Analyse des Vertebratengenoms, Berlin
    ConsensusPathDB (unter anderem protein-protein interactions)MPI_VG
    Albert Sickmann,
    Leibniz-Institut für Analytische Wissenschaften (ISAS), Dortmund
    iTRAQ-Quantifizierung und FDR bei label-basierten Methoden (iQuARI), Tool jTraqX Tool PeptideShaker (Identifizierung, Quantifizierung, Qualitätskontrolle)ISAS
    Martin Eisenacher,
    Medizinisches Proteom-Center, Bochum
    Tool-Sammlung für die Bioinformatik der Proteomik (z. B. cross-Omics-Vergleiche, Konvertierung in Standardformate, Protein-Inferenz, Vergleich von Protein-Ergebnislisten), PSI-Standard-Formate, PRIDE-Upload mit ProteomeXchange-ClientMPC-Bioinfo
    Andreas Römpp,
    Universität Bayreuth

    Standardformat imzML für bildgebende Massenspektrometrie (MALDI Imaging)

    Lehrstuhl für Bioanalytik und Lebensmittelanalytik
    Oliver Kohlbacher,
    Applied Bioinformatics, Tübingen
    OpenMS (Open-Source-Software-Framework in C++ für Computational MS – inkl. Python-Bindings); TOPPTools – über 100 ausführbare, workflow-fähige Tools für Proteomik und Metabolomik (QC, Peptid-ID, SWATH, label-freie, SILAC-, iTRAQ-, TMT-Quant.); TOPPView – freier Viewer für MS-Daten; MetaProSIP – Tools für quant. Metaproteomik; EpiToolKit2 – Webbasierte Tools für MHC-zentrische Analysen (Immunopeptidom, personalisierte Proteome) mit Schwerpunkt epitopbasierte Impfstoffe; YLoc, MultiLoc2, SherLoc2 – webbasierte Vorhersagen für subzelluläre Lokalisierung von Proteinen; BiNA – Netzwerkvisualisierungstool mit Schnittstellen zu Standardformaten und parallele Visualisierung von Multi-Omics-Daten (Genom, Transkriptom, Proteom, Metabolom); RNPxl –Analyse von RNA-Protein-Cross-Linking-Daten; PSI-StandardformateAppl Bioinfo
    Christian Fufezan,
    Inst. f. Biologie und Biotechnologie der Pflanzen, Münster
    Tools zur Auswertung von massenspektrometrischen Daten (z. B. pyGCluster, pymzML, pyQms und piqDB) Techniken basierend auf Python, mongoDB & HadoopIBBP