Dr. Kai Stühler
Medizinisches Proteom-Center Bochum

Tel.: 0234/32 24934
E-Mail: kai.stuehler@rub.de

Der Arbeitskreis Elektrophorese wurde im Juni 2006 bei der letzten DGPF-MItgliederversammlung während der 13. Arbeitstagung in Martinsried ins Leben gerufen.

Da die 2D-PAGE nach wie vor die Methode der Wahl für die proteomanalytische Untersuchung komplexer Proteingemische darstellt, befasst sich der Arbeitskreis schwerpunktmäßig mit diesem Thema. Ziel hierbei ist es, Erfahrungen der Mitglieder über die Planung und Durchführung von 2D-PAGE basierten Proteomstudien zusammenzuführen. Erste Möglichkeiten hierfür bestanden vor kurzem mit dem vom 20. bis 23. Februar veranstalteten 2. internationalen Workshop „2D-DIGE Applications in Proteomics“. Hierbei wurden den Teilnehmern Einblicke in die Durchführung und Auswertung von 2D-DIGE Experimenten am Medizinischen Proteom-Center mit Hilfe der Trägerampholyt- und Immobilin-Technik ermöglicht. Schwerpunkt war dabei die Bildanalyse aber auch die statistische Auswertung von 2D-DIGE Experimenten. Folgeveranstaltungen sind bereits in Vorbereitung

Jun.-Prof. Dr. Katrin Marcus
Medizinisches Proteom-Center
Ruhr-Universität Bochum

Tel.: 0234/ 32 29275
E-Mail: katrin.marcus@rub.de
www.medizinisches-proteom-center.de

Membranproteine übernehmen eine entscheidende Rolle bei einer Vielzahl zellulärer Prozesse, sind vielfach die Ursache humaner Erkrankungen und besitzen darüber hinaus häufig eine extrazelluläre Zugänglichkeit gegenüber Medikamenten - das Verständnis der Funktion dieser Proteine ist somit von fundamentaler Wichtigkeit!

Die Erforschung von Membranproteinen ist daher von größtem Interesse und ein rasch wachsendes Feld der biochemischen Forschung im Allgemeinen und der Proteomanalyse im Speziellen. Allerdings erschweren die physiko-chemischen Eigenschaften der Membranproteine, wie ihre hydrophobe Natur und schlechte Löslichkeit, die Analyse mittels herkömmlicher Proteomics-Methoden. Trotz zahlreicher experimenteller Anstrengungen und methodischer Neuentwicklungen existiert bis heute keine universelle Strategie zur Analyse von Membranproteinen.

Aufgrund der großen Relevanz dieser Proteinklasse und der immer noch bestehenden Problematik ihrer Analyse kommt einem Arbeitskreis „Membranproteine“ und damit einem fokussierten wissenschaftlichen Austausch auf diesem Gebiet eine sehr hohe Bedeutung zu.

Dafür sollen nicht nur die deutschen Wissenschaftler auf dem Gebiet der Membranproteomik sondern auch Vertreter aus den Gebieten der Pharmaforschung, Analytischen Chemie, Immunologie und Waschmittelindustrie gewonnen werden, um so mögliche (interdisziplinäre) weiterführende Ansätze zum Thema Membranproteine und deren Analyse zu entwickeln.

Dr. Albert Sickmann
Rudolf-Virchow-Center for Experimental Biomedicine
Würzburg

Tel. +49 (0) 931-201 48730
FAX. +49 (0) 931-201 48123
E-Mail: Albert.Sickmann@virchow.uni-wuerzburg.de
http://www.protein-ms.de/

Steffen Liedtke

Arbeitskreis Mutidimensionale LC (MDLC)

Der Arbeitskreis MDLC wurde vor drei Jahren von Prof. Klaus Unger (Mainz) ins Leben gerufen. Ziele des Arbeitskreises sind die Vernetzung der Arbeitsgruppen, die auf diesem Gebiet aktiv sind, der Austausch von Erfahrungen und Methoden und die Veranstaltung von Praxis-orientierten Fortbildungskursen, damit neben der Theorie auch die methodische Umsetzung erlernt werden kann. Seit dem Jahr 2004 wurden drei Kurse mit insgesamt knapp 90 Teilnehmern durchgeführt. Weitere Informationen dazu sind unter http://www.protein-ms.de/ verfügbar.

Zentrale Fragen, die vom AK MDLC behandelt werden, sind: (i) standardisierte Protokolle für die 2D-HPLC, (ii) Anreicherung und Isolation modifizierter Peptide mittels der 2D-HPLC, (iii) COFRADIC und 2D-HPLC auf Basis von Ionenpaar-Chromatographie unter Verwendung verschiedener pH-Bereiche der verwendeten Lösungsmittel.

Seit dem Jahr 2006 wird der Arbeitskreis Multidimensionale Chromatographie von Albert Sickmann und Steffen Liedtke (steffen.liedtke@dionex.de) geleitet.

Professor Hans-Peter Braun
Universität Hannover

Tel.: 0511-76 22 674
E-Mail: braun@genetik.uni-hannover.de

Der Arbeitskreis „Pflanzenproteomik“ der DGPF wurde vor vier Jahren ins Leben gerufen. Ziel des Arbeitskreises ist (i) eine Vernetzung der Arbeitsgruppen, die in diesem Forschungsfeld aktiv sind, (ii) ein Methoden- und Erfahrungsaustausch hinsichtlich von Spezialtechniken zur Proteinextraktion aus Pflanzengeweben sowie (iii) die Initiierung gemeinsamer Forschungsförderprogramme. Mittlerweile werden in Deutschland in zahlreichen Forschungseinrichtungen sehr erfolgreiche Proteomprojekte im Bereich der Pflanzenwissenschaften durchgeführt, vor allem im Rahmen von Untersuchungen zur pflanzlichen Stressphysiologie. Nicht zuletzt Dank der Veranstaltung von drei Tagungen zum Thema Pflanzenproteomik in Hannover, Frankfurt und Hamburg sind viele der beteiligten Arbeitsgruppen inzwischen gut vernetzt, beispielsweise durch den Austausch von wissenschaftlichen Mitarbeitern.

Ein gegenwärtiger Forschungsschwerpunkt bezieht sich auf die systematische Charakterisierung des Proteoms der Modellpflanze Arabidopsis thaliana. Ein Gesamtproteomprojekt für diesen Organismus wird von der Arbeitsgruppe von Dr. Wolfram Weckwerth, Max-Planck-Institut für Molekulare Pflanzenphysiologie, Golm, durchgeführt, ferner Teilproteomprojekte für Arabidopsis-Organellen von den Arbeitsgruppen von Dr. Sigrun Reumann, Universität Göttingen, und Prof. Dr. Hans-Peter Braun, Universität Hannover. Im vergangenen Jahr wurde ein „Proteomics Subcommittee“ des „Multinational Arabidopsis Steering Commitee“ (MASC) gegründet, um die Arabidopsis-Proteomforschung weltweit zu koordinieren. In die-sem Zusammenhang ist ein Proteomics-Workshop geplant, der am Rande der 18. Internationalen Arabidopsis-Konferenz (Beijing, China, 20.-23. Juni 2007) stattfinden soll.

Dr. Josef Kellermann
MPI für Biochemie
Martinsried

Tel.: 089-8578 2484
E-Mail: kellerma@biochem.mpg.de

Die Werkzeuge der Proteomanalytik erlauben mittlerweile die Identifizierung von tausenden von Proteinen in relativ kurzer Zeit. Um jedoch die Dynamik eines Proteoms verstehen zu können, ist es notwendig, Veränderungen der Proteinexpression quantitativ zu erfassen. Dazu steht sowohl eine Reihe Gel-basierter als auch Isotopen Labeling-Techniken zur Verfügung. Viele dieser Methoden sind aber, zumindest für den Erstanwender, nicht immer sofort erfolgreich anwendbar.

Der AK "Quantitative Proteomics" sieht sich als Plattform, die die gängigen Technologien zusammen trägt, Vor- und Nachteile der einzelnen Methoden sammelt und zur Diskussion stellt und damit einem breiteren Anwenderkreis bekannt macht. Darüber hinaus sind Kurse zu ausgewählten Technologien geplant, die helfen sollen einen schnelleren Zugang zu neuen Methoden zu schaffen.